Seit Oktober 2019 ist Jan Bauer an der Universität Leipzig tätig. Zunächst bildete er Physikstudierende fachwissenschaftlich im Seiteneinstieg für das Lehramt Physik aus und wechselte dann 2020 an das Institut für Didaktik der Physik. Dort ist er als Lehrkraft für besondere Aufgaben (LfbA) in der fachwissenschaftliche Ausbildung von Lehramtsstudierenden in Experimentalphysik tätig.